作為國家生態文明試驗區，發展清潔能源是海南自貿區的必然的選擇。目前海南省已經在新能源產業上進行了相關布局。可借助自貿區建設、自身豐富的可再生能源、作為旅游勝地環境治理的必要性等實現氫能產業的快速發展。
目前海南汽車保有量約為113萬輛，每年出入島汽車約300萬輛次，汽車尾氣是海南島大氣主要污染源之一。2018年11月1日，海南禁止進口、銷售、注冊登記低于“國六標準”的車型，并于2030年禁售燃油車。在新能源汽車的全島替代過程中，氫燃料電池大有用武之地。
2018年12月10日，交通運輸部公布了《船舶大氣污染物排放控制區實施方案》，海南省被劃定為沿海重點排放控制區，并在2022年控制力度達到內河同一級別。要達到方案中的排放要求，海南省必須大力發展氫動力船舶。
此外，近期海南發布了《海南省大氣污染防治條例》，對海南省燃煤和其他能源污染防治、工業污染防治、機動車船等污染防治作出了明確規定，目的是持續改善大氣環境質量。氫能源作為清潔能源，在海南省能源結構調整中將起到重要作用。
海南發展氫能具有獨特優勢
1、國家對自貿區建設的資源傾斜。
海南自貿區的建設舉世矚目，國家將在其中投入大量資源。近期國內持續出臺氫能的利好政策，若海南將氫能作為自貿區能源轉型升級的重點發展方向，將獲得國家的大力支持。
2、政策壓力造就了巨大的新能源市場空間。
海南作為自貿區和旅游區，面臨著巨大的環保政策壓力：《船舶大氣污染物排放控制區實施方案》將海南島沿海領域作為排放控制區，且在2022年后海南控制區與內河達到同等級別要求;海南省政府承諾在2030年禁售燃油車，甚至早于大部分歐洲國家;《海南省大氣污染防治條例》開始限制化石能源的使用。氫能源是海南省調節能源結構的一個重要選擇，環保政策為海南的氫能源市場創造了巨大的空間，對培養海南本土的氫能源企業十分有利。
